三板市场起源于2001年“股权代办转让系统”，最早承接两网公司和退市公司，称为“旧三板”。

2006年，中关村科技园区非上市股份公司进入代办转让系统进行股份报价转让，称为“新三板”。随着新三板市场的逐步完善，我国将逐步形成由主板、创业板、场外柜台交易网络和产权市场在内的多层次资本市场体系。新三板与老三板最大的不同是配对成交，设置30%幅度，超过此幅度要公开买卖双方信息。

2012年，经国务院批准，决定扩大非上市股份公司股份转让试点（编注：即新三板），首批扩大试点新增上海张江高新技术产业开发区、武汉东湖新技术产业开发区和天津滨海高新区。

2013年底，新三板方案突破试点国家高新区限制，扩容至所有符合新三板条件的企业。